磷酸化蛋白质组
翻译后修饰是蛋白质调节功能的重要方式，在生命现象的许多关键调节机制中，蛋白质的磷酸化是重要的翻译后修饰，它与信号传导，细胞周期，生长发育以及癌症机理等诸多生物学问题有密切关系。
SILAC定量蛋白质组
2002年，丹麦Mann实验室的OngSE等对AACT技术作了进一步改进，建立了SILAC技术并首次应用于定量蛋白质组研究，为全面、系统地定性和定量分析复杂哺乳动物细胞蛋白质组提供了有效的方案。
iTRAQ同位素标记差异蛋白定量分析服务
iTRAQ技术依托于溶液同位素标记体系，利用同位素质量标签对蛋白质进行标记，使具有相同的离子化能力，将标记蛋白质混合起来，应用液相色谱与质谱串联进行分析，可以通过比较质谱峰的强弱得到相对定量的数值。